Nekatera stanja se pogosto napačno presodijo kot razlog za opustitev cepljenja (kontraindikacija za cepljenje).

Tako niso cepljeni nekateri otroci, ki imajo zaradi osnovne bolezni večje tveganje, da bodo zboleli in da bodo bolezni, ki bi jih lahko preprečili s cepljenjem, potekale težje ali z zapleti.

Otrok je lahko cepljen v primeru lahne prehladne bolezni ali driske, zlatenice ob rojstvu, kroničnih srčnih, pljučne, ledvične ali jetrnih bolezni, stabilnih nevroloških stanj, atopijskih bolezni, zdravljenja z antibiotiki ali nizkimi odmerki kortikosteroidov in po preboleli bolezni.

Pediater presodi, ali je zaradi trenutnega stanja potrebno cepljenje odložiti in določi nov datum cepljenja.

O cepljenju otrok s kroničnimi boleznimi po pregledu in presoji določi pediater.

Če pediater oceni, da obstaja zdravstveni razlog za trajno opustitev cepljenja, pošlje na Ministrstvo za zdravje vlogo z utemeljitvijo opustitve cepljenja proti določeni bolezni.

Vlogo lahko podajo tudi starši ali skrbniki otroki, če menijo, da obstaja zdravstveni razlog za opustitev določenega cepljenja.